Le principal inconvénient réside dans le coût initial élevé. De plus, les protéines laitières sont très sensibles à la chaleur ; si le différentiel de température (ΔT) du système MVR n’est pas parfaitement maîtrisé, il en résulte un encrassement rapide de la calandre, nécessitant des cycles de nettoyage fréquents et intensifs.