En büyük dezavantajı yüksek başlangıç ​​sermaye maliyetidir. Ayrıca, süt proteinleri ısıya karşı oldukça hassastır; MVR sisteminin sıcaklık farkı (ΔT) mükemmel şekilde kontrol edilmezse, hızla kalandria kirlenmesine yol açar ve sık ve agresif temizleme döngüleri gerektirir.