Основной недостаток — высокие начальные капитальные затраты. Кроме того, молочные белки очень чувствительны к теплу; если разница температур (ΔT) в системе MVR не контролируется идеально, это приводит к быстрому загрязнению каландров, требующему частых и интенсивных циклов очистки.